縣檔案館機構性質為公益一類事業單位，機構規格為正科級，隸屬縣委辦公室管理。

接收、征集和集中科學管理縣級黨政機關、群眾團體、縣直屬單位及部分企事業單位的重要檔案資料和有關城口縣歷史的檔案資料，承擔縣檔案館館藏檔案安全的責任；負責館藏檔案及資料的復制、修復工作。按照檔案工作規范與要求搞好館藏檔案、資料的分類、排列和編號工作；按照“八防”要求積授開展庫內檔案保管保護工作；負責地方黨史、組織史資料的征集工作，系統整理有關黨建、政治、軍事、經濟、文化等方面的史料；負責黨史和縣志的編纂工作。完成各個時期黨史大事記、政府大事記、地方組織史、專題資料、重大人物傳記以及重要文件匯編等編撰工作；負責開展檔案、黨史、地方志的研究工作以及資源開發、信息開放，加強對黨史的宣傳工作；負責開展對重點檔案、黨史的搶救和保護工作；協助依法開展檔案的安全鑒定工作；負責開發檔案資源和檔案編研工作；依法向社會開放檔案信息資源，為社會利用檔案資源提供服務。負責發布檔案、資料信息，依法為公民、法人或其他組織提供政府公開信息服務；組織開展好現行文件中心閱覽利用和愛國主義基地建設工作；承擔縣委辦公室交辦的其他事項。

根據上述職責任務，縣檔案館內設5個內設機構。1.綜合科。協調組織實施機關政務工作和縣委、縣政府中工作；負責機關文電、檔案、機要、保密、信訪、會務接待、督辦等事項；負責杋構編制、干部人事、勞動工資、黨建、廉政建設、法制、計生和目標績效管理工作。負責機關退休干部工作；負責相關財務、車輛、資產管理等后勤保障工作。負責消防全、保衛、計劃生育、社會治安綜合治理、環保、宣傳思想神文明等工作。2.檔案管理科。接收、征集和集中科學管理縣級黨政機關、群眾團體、縣直屬單位及部分事企業單位的重要檔案資料和有關城口縣歷史的檔案資料；負責館藏檔案及資料的復制、修復工作協助依法開展對重點檔案的搶救和保護工作、檔案的安全鑒定工作、向社會開放檔案信息資源，為社會利用檔案資源提供服務，做好檔案庫房安全管理工作。3.黨史科。負責全縣地方黨史資料的征集、整理、研究、編撰、出版；開展黨史宣傳教育，運用黨史資料及征編成果，對全縣廣大黨員干部群眾進行革命傳統、愛國主義、集體主義、社會主義教育；負責重點黨史的保護和搶救工作。4.方志科。組織開展地方志調查研究，負責地方志書、地方年鑒、地情資料的收集、編纂、出版；督促、檢查、指導全縣部門志、鄉鎮志的編修工作。開展地方志理論研究，利用方志成果使作保為全縣經濟社會發展服務；負責對鄉鎮街道、部門志的修改評審工作。5.信息科。負責全縣信息網絡的規劃、管理工作，做好與上級部門的聯網銜接工作；積極開發檔案信息，編研檔案史科，定期公布館藏檔案內容；負責建立、完善和管理館藏檔案電子查閱系統，促進檔案信息共享。